При заболевании клещевым энцефалитом, инкубационный период, или период от момента заражения до появления первых клинических признаков, составляет от 7 суток до 30 дней (в среднем 7-14). Начало клещевого энцефалита чаще острое, характеризуется повышением температуры до 39-40º С и появлением озноба. Могут отмечаться: светобоязнь, боли в глазных яблоках, в горле при глотании и его покраснение. Беспокоят мышечные боли (шеи, плеч, конечностей, грудного и поясничного отделов спины).